ويختص بما يلــــي :  

1. اقتراح رؤية مستقبلية للمركز تتماشى مع قانون انشاء المركز واهذافه والاتفاقيات الدولية والتوجهات العالمية في مجال مكافحة الامراض .
2. الاشراف على إعداد الخطة الاستراتيجية العامة للمركز بالتنسيق مع الادارات والمكاتب الفنية المختصة .
3. الإشراف على تلقي وتجميع مقترحات المكاتب والإدارات بشأن مشروعاتها وخططها و مساعدتها وتوجيهها في دراستها وتحليلها .
4. مراجعة الاهداف والمؤشرات للبرامج المختلفة للمركز بالتنسيق مع الادارات والمكاتب الفنية المختصة .
5. المساهمة في تحديث الخطط الاستراتيجية للادارات والمكاتب بناءًا على المستجدات والمعطيات المختلفة التي تدخل في نطاق اختصاصه.
6. الاشراف على وضع ومتابعة خطط العمل وأليات تنفيذ الخطة الاستراتيجية العامة بالتنسيق مع الادارات و المكاتب الفنية المختصة .
7. مراجعة وتقييم الانجازات الفعلية ومقارنتها بالاهداف و المؤشرات وإعدادها في تقرير نهائي .
8. حصر الإمكانيات و الموارد المادية و البشرية من ناحية الكم و الكيف المتاحة في المركز ووضع الخطط اللازمة لتنمية هذه الإمكانيات .
9. الاشتراك في دراسة الصعوبات و المعوقات التي تعترض تنفيذ الخطط و البرامج للادارات والمكاتب المختلفة وإيجاد الحلول الملائمة لها بما يتماشى مع الخطة العامة للمركز .
10. مراجعة الدراسات التي يقوم بها المكتب في مجالات التخطيط و الإطلاع على أحدث الأساليب العلمية للتخطيط  و الاستفادة منها .
11. إعداد تقارير دورية عن تنفيذ الاستراتيجية والمعوقات التي تواجهها واقتراح التوصيات لمعالجتها .
12. التنسيق و الإشراف على الأعمال  اليومية  في المكتب وتوزيع العمل المراد تأديته ومراقبة  ومراجعة ما تم إنجازه .
13. إعداد خطة العمل السنوية للمكتب .
14. أية أعمال أخرى تسند للمكتب في إطار أختصاصاته .