وتختص بالآتي:

1. اقتراح إنشاء المختبرات المرجعية ومختبرات الصحة العامة وتقييم احتياجاتها وتجهيزاتها.
2. تقييم أداء مختبرات الصحة العامة والمرجعية من حيث ألية العمل ونتائج هذه المختبرات.
3. الكشف على الطفرات الجينية وتأكيد العينات الواردة الي المختبرات المرجعية بأجراء الاختبارات التأكيدية لها.
4. وضع استراتيجيات العمل الوطنية والأدلة الإرشادية وتحديد المعايير القياسية للمختبرات.
5. اقتراح سياسات العمل الفني وتطويره بالتعاون مع جميع الجهات ذات العلاقة بما يتلاءم مع متطلبات اللوائح الصحية الدولية.
6. المشاركة مع الجهات المختصة في تحديد المواصفات الفنية للأجهزة والمعدات والمستلزمات ومواد التشغيل.
7. إبداء الرأي والمشورة في الأمور المتعلقة بمجال المختبرات.
8. الإشراف والمشاركة في إجراء التجارب والأبحاث العلمية التي تدخل في مجال اختصاصات المركز.
9. التعاون مع الهيئات والجامعات والمراكز البحثية والمنظمات الدولية بالتنسيق مع التقسيم الإداري المختص.
10. تحديد الاحتياجات من المواد والمعدات والأجهزة وكل ما تحتاجه مختبرات الصحة العامة والمختبرات المرجعية لأداء مهامها.
11. تنظيم الدورات التدريبية والتأهيلية وورش العمل والمؤتمرات العلمية في مجال مختبرات الصحة العامة والمختبرات المرجعية بالتنسيق مع إدارة الموارد البشرية.
12. إعداد الخطط لمواجهة الطوارئ فيما يخص المختبرات وتوفير المشغلات اللازمة للكشف على الأمراض المعدية كمخزون وقائي ومتابعة تنفيذها.
13. جمع البيانات والإحصائيات من المختبرات المرجعية بالبلديات.
14. العمل على تنفيذ ضبط الجودة بمختبرات الصحة العامة والمختبرات المرجعية بالتنسيق مع الجهات المختصة.
15. إعداد تقارير دورية عن نشاط الإدارة
16. أي مهام أخرى تسند للإدارة.

وتمارس الإدارة اختصاصها خلال الأقسام التالية:

  قسم مختبرات الصحة العامة ويختص بما يلي: –

1. الإشراف العام على مختبرات الصحة العامة، ومختبرات برامج المكافحة التابعة للمركز.
2. التعاون مع مصارف الدم بخصوص وضع سياسات وآلية مرُاقبة الأمراض المنقولة بالدم.
3. مواكبة أحدث التطورات العلمية في مجال التخصص والاستفادة منها من خلال حضور ورش العمل والمؤتمرات العلمية ذات العلاقة.
4. الإشراف والمشاركة في إجراء التجارب والأبحاث العلمية التي تدخل في مجال اختصاصات المركز تشجيعاً للبحث العلمي.
5. الاشتراك في اللجان الفنية في مجال التخصص.
6. اقتراح الخطط لمواجهة الطوارئ فيما يخص المختبرات وتوفير المشغلات اللازمة للكشف على الأمراض المعدية كمخزون وقائي ومتابعة تنفيذها.
7. أي مهام أخرى تسند للإدارة.

قسم المختبرات المرجعية ويختص بما يلي: –

1. الأشراف الفني والمتابعة للمختبرات المرجعية.
2. الأشراف على تطوير وسائل التشخيص بالمختبرات المرجعية تشجيعاً للبحث العلمي في مجال التخصص.
3. مواكبة أحدث التطورات العلمية في مجال التخصص والاستفادة منها من خلال حضور ورش العمل والمؤتمرات العلمية ذات العلاقة.
4. المشاركة مع الجهات المختصة في وضع السياسات العامة للشهائد الصحية.
5. الاشتراك في اللجان الفنية في مجال التخصص.
6. الإشراف والمشاركة في إجراء التجارب والأبحاث العلمية التي تدخل في مجال اختصاصات المركز.
7. أي مهام أخرى تسند للإدارة.

 قسم الإحصاء وتجميع البيانات ويختص بما يلي: – 

1. تجميع كافة التقارير الواردة من المختبرات عن مؤشرات الأداء وتقديمها لمدير الإدارة.
2. وضع مقترحات التطوير لنظام إعداد التقارير بما يتماشى مع تقارير منظمة الصحة العالمية.
3. تجميع كافة الإحصائيات والبيانات الواردة من المختبرات عن نتائج اعمالها وتقديمها لمدير الإدارة
4. وضع المقترحات والخطط بتطوير البرنامج الإحصائي الخاص بالمختبرات.
5. اقتراح ومتابعة السجلات والنماذج والبطاقات الخاصة بالشهائد الصحية.
6. متابعة تنفيذ نظام الأرشيف الإلكتروني بكافة المختبرات.
7. تجميع الأبحاث والدراسات العلمية المتعلقة بمجال اختصاص الإدارة.
8. تقديم التقارير الدورية.
9. أي مهام أخرى تسند للقسم.