المدير العام للمركز ويتولى المهام التالية:

1. تمثيل المركز أمام المؤسسات والهيئات والمنظمات المحلية والدولية وأمام القضاء والمصارف وكافة الوحدات الإدارية والجهات الأخرى.
2. إدارة المركز واتخاذ جميع الإجراءات والأعمال والتصرفات التي من شأنها تحسين وتطوير العمل، وله الحق في ممارسته لوظيفته كافة السلطات الرئاسية على العاملين بالمركز، كما له أن يفوض أياً من اختصاصاته إلى نائب المدير العام للمركز أو مدراء الإدارات أو المكاتب أو الفروع أو مكاتب المدن بما يتماشى مع الشروط والأوضاع التي قررها القانون للتفويض.
3. إصدار قرارات الاستخدامات المختلفة في سبيل تكوين الكادر الوظيفي المطلوب للقيام بأعمال المركز بما فيها العناصر الأجنبية مع الأخذ في الاعتبار الملاك الوظيفي للمركز ووفقاً للقوانين واللوائح المعمول بها في هذا الشأن.
4. إنشاء فروع للمركز متى تطلب عمل المركز ذلك.
5. منح التفرغ الجزئي والكامل للمكلفين بأعمال خارج المركز أو لدى الجهات والوحدات الإدارية الأخرى بالتنسيق معها.
6. تمثيل المركز في علاقاته مع الغير وأمام القضاء وتوقيع العقود ويفوض بمنح الاذن بمباشرة المناقصات المحدودة والعامة وفق لائحة العقود المعتمدة في هذا الشأن والتوقيع على الاتفاقيات التي يكون المركز طرفاً فيها.
7. عرض مشروعات الميزانية التقديرية والحسابات الختامية المقترحة من المركز على جهات الاختصاص.
8. إعداد المسائل التي تعرض على إدارات المركز وتقديم البيانات والدراسات والإحصاءات اللازمة للبث فيها.
9. رئاسة اجتماعات اللجان المختلفة بالمركز والتي يرى رئاستها.
10. ممارسة الاختصاصات المتعلقة بالشئون الإدارية والمالية للعاملين بالمركز وفقاً للتشريعات النافذة.
11. الاعتماد والإشراف العام على أعمال البحث العلمي والتطوير والتعليم والتدريب والنشر والمطبوعات العلمية والدوريات المكلف بها المركز وتكليف المستشارين والخبراء بالقيام بأي دراسات أو أبحاث تطبيقية فنية أو إدارية أو مالية وتحديد مقابل أتعابهم.
12. التوقيع على الاتفاقيات المحلية واتفاقيات التعاون الدولي الثنائي والمتعدد الأطراف مع المركز والجهات الأخرى المماثلة بالتنسيق مع الجهات ذات العلاقة وفق اختصاص المركز.
13. اعتماد التقارير الدورية عن نشاط المركز.
14. التخاطب باسم المركز فيما يخص اختصاصات المركز.
15. تكوين وتسمية البرامج الوطنية وبرامج المكافحة التي تقع في اختصاصات المركز.
16. اصدار قرار تشكيل غرفة الطواري المركزية على مستوي الدولة الليبية في حالة حدوث الجوائح والطوارئ الصحية المحلية او الدولية.
17. ممارسة أي اختصاصات أخرى تفوضها له الجهات ذات العلاقة وفق التشريعات والقوانين واللوائح المعمول بها في هذا الشأن.
18. إصدار قرارات تشكيل اللجان والبرامج الوطنية والعلمية الخاصة بعمل المركز.
19. إصدار قرار الموافقة للمشاركة في كافة الملتقيات العلمية بمختلف أنواعها والتي تدخل في اختصاص المركز.

نائب المدير العام للمركز ويتولى الاختصاصات التالية:

1. تقديم اقتراح الخطط والبرامج اللازمة لتنفيذ الاستراتيجيات والسياسات والأهداف المرسومة في مجال مكافحة الأمراض للمدير العام للمركز.
2. رصد المشاكل المختلفة واقتراح أنسب الحلول لمعالجتها ورفع تقارير في هذا الصدد للمدير العام للمركز.
3. متابعة تنفيذ القوانين مع الرقابة على تنفيذ القرارات والتوصيات التي يصدرها المدير العام للمركز وذلك بالتعاون والتنسيق مع الجهات المعنية.
4. متابعة وتقييم أنشطة الإدارات والفروع ورفع تقارير دورية للمدير العام للمركز بالخصوص.
5. مراجعة خطط المركز والإشراف على مراقبة تنفيذ أعمال تلك الإدارات ورفع تقارير دورية في هذا الصدد للمدير العام للمركز.
6. متابعة تنفيذ التزامات المركز بخصوص الاتفاقيات الدولية والإقليمية المتعلقة بالمركز.
7. القيام بالإشراف على أعمال المركز وتسيير العمل في غياب مدير عام المركز.
8. يمثل وينوب عن المدير العام للمركز في حضور المؤتمرات والاجتماعات والمهام بتكليف من المدير العام للمركز.
9. ما يُسند إليه من مهام من قبل المدير العام للمركز وفي حدود اختصاصات المركز.