ويختص بما يلــــي: 

1. اقتراح رؤية مستقبلية للمركز تتماشى مع قرارات إنشاء المركز وأهدافه والاتفاقيات الدولية والتوجهات العالمية في مجال مكافحة الأمراض.
2. الإشراف على إعداد الخطة الاستراتيجية العامة للمركز بالتنسيق مع الإدارات والمكاتب الفنية المختصة.
3. الإشراف على تلقي وتجميع مقترحات المكاتب والإدارات بشأن مشروعاتها وخططها ومساعدتها وتوجيهها في دراستها وتحليلها.
4. مراجعة الأهداف والمؤشرات للبرامج المختلفة للمركز بالتنسيق مع الإدارات والمكاتب الفنية المختصة.
5. المساهمة في تحديث الخطط الاستراتيجية للإدارات والمكاتب بناءً على المستجدات والمعطيات المختلفة التي تدخل في نطاق اختصاصه.
6. الإشراف على وضع ومتابعة خطط العمل وآليات تنفيذ الخطة الاستراتيجية العامة بالتنسيق مع الإدارات والمكاتب الفنية المختصة.
7. مراجعة وتقييم الانجازات الفعلية ومقارنتها بالأهداف والمؤشرات وإعدادها في تقرير نهائي.
8. الاشتراك في دراسة الصعوبات والمعوقات التي تعترض تنفيذ الخطط والبرامج للإدارات والمكاتب المختلفة وإيجاد الحلول الملائمة لها بما يتماشى مع الخطة العامة للمركز.
9. مراجعة الدراسات التي يقوم بها المكتب في مجالات التخطيط والاطلاع على أحدث الأساليب العلمية للتخطيط والاستفادة منها
10. إعداد تقارير دورية عن تنفيذ الاستراتيجية والمعوقات التي تواجهها واقتراح التوصيات لمعالجتها.
11. التنسيق والإشراف على الأعمال اليومية في المكتب وتوزيع العمل المراد تأديته ومراقبة ومراجعة ما تم إنجازه.
12. إعداد خطة العمل السنوية للمكتب.
13. أي مهام أخرى تسند للمكتب