وتختص بما يلي:

1. وضع الخطط والاستراتيجيات وتنفيذها للوقاية والحد من انتشار الايدز والالتهاب الكبدي الفيروسي والأمراض المنقولة جنسياً بمشاركة الجهات ذات العلاقة.
2. تنفيذ البرامج التي تدخل ضمن اختصاص الإدارة والتي يتم إقرارها من قبل الإدارة العامة للمركز واللجان العلمية المختصة.
3. المشاركة في إعداد وتقديم برامج التوعية حول مرض الايدز والالتهاب الكبدي الفيروسي والأمراض المنقولة جنسياً وذلك بالتنسيق مع الجهات المختصة.
4. المشاركة في وضع سياسات التردد والإيواء بالمستشفيات والمساهمة في رفع مستوي الخدمات العلاجية للحالات التي تدخل ضمن اختصاصها.
5. المشاركة في كل ما يتعلق بالطب العلاجي لمرض الايدز والالتهاب الكبدي الفيروسي والأمراض المنقولة جنسياً وذلك بالتنسيق مع الجهات ذات الاختصاص.
6. المشاركة في الندوات والحلقات العلمية والدراسات والبحوث مع المنظمات والهيئات المحلية والدولية في مجالات الايدز والأمراض المنقولة جنسياً والالتهاب الكبدي البائي والجيمي بالتنسيق مع التقسيم الإداري المختص بالمركز
7. إعداد النماذج والسجلات الخاصة بالإدارة وبحالات التردد والإيواء.
8. الإشراف على أقسام مكافحة الايدز والالتهاب الكبدي الفيروسي والأمراض المنقولة جنسياً بفروع المركز ومتابعتها وتقييم أدائها الفني والطبي.
9. التعاون مع الهيئات والمنظمات المتخصصة في مجال عمل الإدارة بالتنسيق مع مكتب التعاون الفني.
10. إقرار وإجراء الدراسات والبحوث والمسوحات المختلفة بما يخدم الطب الوقائي والمساعدة في الطب العلاجي.
11. الإشراف على تنفيذ برامج المشورة والفحص الطوعي وبرامج خفض الضرر الأخرى بالتعاون مع الجهات ذات العلاقة.
12. جمع البيانات والمعلومات المتعلقة بالأمراض مجال الاختصاص.
13. المشاركة في إعداد الأدلة الإرشادية ذات العلاقة بمكافحة المرض.
14. إعداد التقارير وإحالتها إلى الجهات المختلفة.
15. أي مهام أخرى تسند للإدارة.

وتمارس الإدارة اختصاصها خلال الأقسام التالية

    قسم التوعية والإرشاد ويختص بما يلي: – 

1. المساعدة في وضع الخطط والعمل على تنفيذها للوقاية والحد من انتشار المرض بمشاركة الجهات ذات العلاقة.
2. تنفيذ البرامج التي تدخل ضمن اختصاص الإدارة والتي يتم إقرارها من الإدارة العامة للمركز واللجان العلمية المختصة.
3. إعداد وتقديم برامج التوعية حول مرض الايدز والالتهاب الكبدي والأمراض المنقولة جنسياً وذلك بالتنسيق مع الجهات المختصة.
4. التنفيذ والإشراف والمتابعة لبرامج المشورة والفحص الطوعي وبرامج خفض الضرر.
5. المشاركة في الندوات والحلقات العلمية والدراسات والبحوث مع المنظمات والهيئات المحلية والدولية في هذا المجال.
6. المشاركة في الإشراف على برامج مكافحة الايدز والأمراض المنقولة جنسياً بفروع المركز ومتابعتها وتقييم أدائها.
7. أي مهام أخرى تسند للقسم.

 قسم البرامج والتخطيط والمتابعة ويختص بما يلـي: – 

1. وضع الخطط وتنفيذها للوقاية والحد من انتشار المرض بمشاركة الجهات ذات العلاقة.
2. تنفيذ البرامج التي تدخل ضمن اختصاص الإدارة والتي يتم إقرارها من الإدارة العامة للمركز واللجان العلمية المختصة.
3. المشاركة في الندوات والحلقات العلمية والدراسات والبحوث مع المنظمات والهيئات المحلية والدولية في هذا المجال.
4. المساهمة في إعداد النماذج والسجلات الخاصة بالإدارة وبحالات التردد والإيواء.
5. المشاركة في الإشراف على برامج مكافحة الايدز والأمراض المنقولة جنسياً بفروع المركز ومتابعتها وتقييم أدائها.
6. التعاون مع الهيئات والمؤسسات والمنظمات المتخصصة في مجالات عمل الإدارة بالتنسيق مع التقسيم الإداري المختص بالمركز
7. الإشراف على وضع المؤشرات الخاصة بالتنسيق مع الأقسام الأخرى ومتابعة وتقييم برامج مكافحة الأمراض.
8. الإشراف على تقديم التقارير المرفوعة من الإدارة إلى الجهات المختلفة.
9. أي مهام أخرى تسند للقسم.

 قسم التدبير العلاجي ويختص بما يلــــي: –

1. المساعدة في وضع الخطط ومتابعة تنفيذها للوقاية والحد من انتشار الأمراض مجال الاختصاص بمشاركة الجهات ذات العلاقة.
2. تنفيذ البرامج التي تدخل ضمن اختصاص الإدارة والتي يتم إقرارها من الإدارة العامة للمركز واللجان العلمية المختصة.
3. المشاركة في متابعة كل ما يتعلق بالطب العلاجي لمرض الايدز والأمراض المنقولة جنسياً وذلك بالتنسيق مع الجهات المختصة.
4. المشاركة في الندوات والحلقات العلمية والدراسات والبحوث مع المنظمات والهيئات المحلية والدولية في هذا المجال بالتنسيق مع التقسيم الإداري المختص بالمركز
5. المساعدة في إعداد النماذج والسجلات الخاصة بالإدارة وبحالات التردد والإيواء.
6. متابعة انسياب الأدوية ومراقبة عمليات توزيعها.
7. الإشراف على إعداد وتطوير الأدلة الإرشادية المتعلقة بالإيدز والأمراض المنقولة جنسياً والالتهاب الكبدي البائي والجيمي والإشراف على البرامج التدريبية ذات العلاقة.
8. أي مهام أخرى تسند للقسم.

 قسم الدراسات والإحصاء ويختص بما يلــــي: – 

1. المساعدة في وضع الخطط والعمل على تنفيذها للوقاية والحد من انتشار المرض بمشاركة الجهات ذات العلاقة.
2. تنفيذ البرامج التي تدخل ضمن اختصاص الإدارة والتي يتم إقرارها من الإدارة العامة للمركز واللجان العلمية المختصة.
3. المشاركة في الندوات والحلقات العلمية والدراسات والبحوث مع المنظمات والهيئات المحلية والدولية في هذا المجال بالتنسيق مع التقسيم الإداري المختص بالمركز.
4. إعداد النماذج والسجلات الخاصة بالإدارة.
5. المشاركة في إعداد وإقرار الدراسات والأبحاث والمسوحات المختلفة بما يخدم الطب الوقائي والمساعدة في الطب العلاجي.
6. الإشراف ومتابعة منظومة المعلومات الصحية الخاصة بالإدارة.
7. إعداد أرشيف خاص بكل الإصدارات المتعلقة باختصاص الإدارة في ليبيا.
8. جمع البيانات والمعلومات المتعلقة بالأمراض مجال الاختصاص.
9. المساهمة في إعداد ومتابعة التقارير الصادرة عن الإدارة.
10. أي مهام أخرى تسند للقسم.

 قسم مكافحة الأمراض المنقولة جنسياً ويختص بما يلـي: – 

1. وضع الخطط وتنفيذها للوقاية والحد من انتشار الأمراض المنقولة جنسياً بمشاركة الجهات ذات العلاقة.
2. تنفيذ البرامج التي تدخل التي تدخل ضمن اختصاص القسم والتي يتم إقرارها من الإدارة العامة للمركز واللجان العلمية المختصة.
3. المشاركة في إعداد وتقديم برامج التوعية الأمراض المنقولة جنسياً وذلك بالتنسيق مع الجهات المختصة.
4. المشاركة في وضع سياسات التردد والإيواء بالمستشفيات والمساهمة في رفع مستوي الخدمات العلاجية للحالات التي تدخل ضمن اختصاصه.
5. المشاركة في كل ما يتعلق بالطب العلاجي للأمراض المنقولة جنسياً وذلك بالتنسيق مع الجهات المختصة.
6. المشاركة في الندوات والحلقات العلمية والدراسات والبحوث مع المنظمات والهيئات المحلية والدولية بالتنسيق مع التقسيم الإداري المختص بالمركز
7. أي مهام أخرى تسند للقسم.

قسم مكافحة الالتهاب الكبدي الفيروسي ويختص بما يلــــي: – 

1. وضع الخطط وتنفيذها للوقاية والحد من انتشار الالتهاب الكبدي الفيروسي بمشاركة الجهات ذات العلاقة.
2. تنفيذ البرامج التي تدخل التي ضمن اختصاص القسم والتي يتم إقرارها في الإدارة العامة للمركز واللجان العلمية المختصة.
3. المشاركة في إعداد وتقديم برامج التوعية الالتهاب الكبدي الفيروسي وذلك بالتنسيق مع الجهات المختصة.
4. المشاركة في وضع سياسات التردد والإيواء بالمستشفيات والمساهمة في رفع مستوي الخدمات العلاجية للحالات التي تدخل ضمن اختصاصه.
5. المشاركة في كل ما يتعلق بالطب العلاجي الالتهاب الكبدي الفيروسي وذلك بالتنسيق مع الجهات المختصة.
6. المشاركة في الندوات والحلقات العلمية والدراسات والبحوث مع المنظمات والهيئات المحلية والدولية في هذا المجال بالتنسيق مع التقسيم الإداري المختص بالمركز
7. أي مهام أخرى تسند للقسم.