و تختص بما يلــي :

1.  إنشاء المختبرات المرجعية ومختبرات الصحة العامة وتجهيزاتها ووضع سياسات العمل الفني وتطويره بالتعاون مع جميع الجهات ذات العلاقة بما يتلاءم مع متطلبات اللوائح الصحية الدولية .
2.  الإشراف العام على المختبرات التابعة للبرامج و مختبرات الصحة العامة التابعة للمركز.
3.  التعاون مع مصارف الدم بخصوص وضع سياسات والية مرُاقبة الأمراض المنقولة بالدم.
4.  مواكبة أحدث التطورات العلمية في مجال التخصص والاستفادة منها من خلال حضور  ورش العمل والمؤتمرات  العلمية  ذات العلاقة.
5.  إبداء الرأي و المشورة  في الأمور المتعلقة بمجال المختبرات.
6.  الإشراف و المشاركة في  إجراء التجارب والأبحاث العلمية التي تدخل في مجال اختصاصات المركز.
7.  الاشتراك في اللجان الفنية في مجال التخصص.
8.  التعاون مع الهيئات و الجامعات و المراكز البحثية  المنظمات الدولية.
9.  توفير الاحتياجات من المواد و المعدات والأجهزة وكل ما تحتاجه مختبرات الصحة العامة لأداء مهامها.
10.  تنظيم الدورات التدريبية والتأهيلية وورش العمل  والمؤتمرات العلمية في مجال مختبرات الصحة العامة.
11.  إعداد خطط لمواجهة الطوارئ فيما يخص المختبرات وتوفير المشغلات اللازمة للكشف على الأمراض المعدية  كمخزون وقائي.
12.  العمل على تنفيذ ضبط الجودة في مختبرات الصحة العامة والتعاون مع إدارة ضبط الجودة بوزارة الصحة في هذا الشأن.
13.  تنظيم وإنشاء المختبرات وتحديد مواقعها والعمل على تطويرها وتقييمها.
14.  أية أعمال أخرى تسند للإدارة  في إطار اختصاصاتها .

الأقسام التابعة لإدارة مختبرات الصحة العامة :

1.  قسم الفيروسات
2.  قسم البكتيريا و الفطريات و الدرن
3.  قسم التشخيص الجزيئي و الوراثة
4.  قسم الطفيليات و نواقل المرض

الهيكل التنظيمي للمختبرات المرجعية ومختبرات الفروع :

1.  قسم البكتيريا و الفطريات و الدرن .
2.  قسم التشخيص الجزيئي و الوراثة .
3.  قسم قسم الطفيليات و نواقل المرض .
4.  وحدة الأمصال و المناعة .

التنظيم الإداري للمختبرات المرجعية ومختبرات الفروع :

1.  رئيس الفرع
2.  رئيس الوحدة
3.  مشرف الوحدة

مهام ومسئوليات رئيس المختبر  :

1.  الإشراف المباشر على المختبر إداريا وفنياً
2.  إعداد المقترحات المستقبلية بخصوص تطوير المختبر فنياً وتجهيزياً
3.  إحالة متطلبات الوحدات بعد إعدادها مرفقة بالمواصفات من قبل رؤساء الوحدات الى إدارة مختبرات الصحة العامة.

مهام ومسئوليات رؤساء الوحدات :

1.  الإشراف على تسيير العمل بالوحدات بالمختبرات وتقديمها الى رئيس المختبر .
2.  إعداد متطلبات الوحدات بما يتناسب مع وظيفة الوحدة بالمختبر .
3.  اشراف على تدريب الفنيين بالوحدة على التقنيات المستخدمة .
4.  التنسيق مع مختبرات الفروع في حالة حدوث أي طارئ لاحتواء المشاكل الصحية الطارئة بما في ذلك  الزيارات الميدانية  لموقع المشكلة .
5.  المشاركة في وضع المقترحات لإجراء البحوث والمسوحات العلمية ومتابعتها .
6.  متابعة تطبيق إجراءات السلامة بالوحدة .