يمارس اختصاصاته وفقا لأحكام قرار اللجنة الشعبية العامة )سابقاً( رقم (78) لسنة 2002 م بشأن دمج بعض المراكز , وأحكام قرار اللجنة الشعبية العامة )سابقاً( رقم (281) لسنة 2010 م بتسمية واختصاصات المركز الوطني لمكافحة الأمراض ، و التشريعات النافذة بالخصوص . ويقوم بالأختصاصات التالية :
- اقتراح الخطط والبرامج اللازمة لتنفيذ الاستراتيجيات والسياسات والاهذاف المرسومة في مجال مكافحة الامراض .
- رصد و أقتراح أنسب الحلول لمعالجة المشاكل المختلفة ورفع تقارير في هذا الصدد لمديرعام المركز .
- متابعة تنفيذ القوانين مع الرقابة على تنفيذ القرارات والتوصيات التي يصدرها مدير عام المركز وذلك بالتعاون والتنسيق مع الجهات المعنية .
- متابعة وتقييم أنشطة الادارات والفروع ورفع تقارير دورية لمدير عام المركز بالخصوص .
- مراجعة خطط المركز والاشراف على مراقبة تنفيذ أعمال تلك الادارات ورفع تقارير دورية في هذا الصدد لمدير عام المركز .
- متابعة تنفيذ التزمات المركز بخصوص الاتفاقيات الدولية والاقليمية المتعلقة بالمركز .
- القيام بالاشراف على أعمال المركز وتسيير العمل في غياب مدير عام المركز .
- ينوب عن مديرعام المركزفي حضور المؤتمرات والاجتماعات والمهام بتكليف من مدير عام المركز .