أنشأت مكتبة المركز الوطني لمكافحة الأمراض في نهاية سنة 2005م على مساحة تقدر بحوالي 30 مترا مربعا, وذلك في مقر المركز القديم بقرجي, و احتوت المكتبة على حوالي 100 كتاب طبي بالإضافة إلى مـــا يصدر عن المركز من إصدارات وبوسترات توعوية . ثم بدأ التجهيز لإنشاء مكتبة متطورة تلبي حاجة المركز وتواكب التطور العلمي والبحثي وذلك بعد موافقة مدير المركز على المقترح المقدم إليه في منتصف سنة 2008م, ومع بداية سنة 2009م تم إفتتاح المكتبة الجديدة حيث احتوت علي 240 كتـــاب طبي وبعض الرسائل والأطروحات العلمية المحلية بالإضافة إلى إصدارات منظمة الصحة العالمية وإصدارات المركز الوطني لمكافحة الأمراض ,ولازال العمل مستمرا من أجل تطوير المكتبة وتزويدها بالجديد والمفيد خاصة بعد إفتتاح المقر الرسمي الجديد بمنطقة عين زارة بطرابلس.